Σκοπός της λειτουργίας του Φορέα Διαχείρισης, είναι η προστασία των ενδιαιτημάτων της προστατευόμενης περιοχής και συγκεκριμένα των υγροτόπων, των αμμολόφων και του δάσους κουκουναριάς (Pinus pinea) της Στροφυλιάς – του πιο εκτεταμένου δάσους κουκουναριάς στην Ελλάδα. Παράλληλα με την προστασία, στόχος του φορέα είναι και η παροχή πληροφοριών και ενημέρωσης για την οικολογική σημασία της περιοχής, η προώθηση της ευαισθητοποίησης στους πολίτες καθώς και η υλοποίηση προγραμμάτων περιβαλλοντικής εκπαίδευσης, ξενάγησης και οικοτουρισμού.

Προτεραιότητες για το Φορέα Διαχείρισης αποτελούν η καταγραφή και παρακολούθηση (monitoring) των τύπων οικοτόπων και των ειδών πανίδας και χλωρίδας της προστατευόμενης περιοχής, η διαχείριση του δάσους με σκοπό την διατήρηση και την ενίσχυση της κουκουναριάς (Pinus pinea), η συνεχής παρακολούθηση της ποιότητας του νερού στις λιμνοθάλασσες, η προστασία των αμμολόφων της παραλιακής ζώνης και τέλος η ενημέρωση κατοίκων και επισκεπτών για τις αξίες της περιοχής με σκοπό την ευαισθητοποίησή τους απέναντι στους κινδύνους που αντιμετωπίζει.