Πρόκειται για τυπική μεσογειακή λιμνοθάλασσα και αποτελεί έναν σημαντικό τόπο για τη διαχείμαση, αναπαραγωγή και μετανάστευση υδροβίων πτηνών, πολλά από τα οποία βρίσκονται σε χαμηλούς αριθμούς σε άλλες περιοχές της χώρας. Εκτός από την ορνιθοπανίδα, το Κοτύχι είναι σημαντικός τόπος μετανάστευσης και διαβίωσης διαφόρων ειδών ψαριών μέχρι την περίοδο έναρξης της αναπαραγωγικής διαδικασίας όπου μεταναστεύουν στη θάλασσα. Για αυτό το λόγο αποτελεί φυσικό ιχθυοτροφείο το οποίο αξιοποιείται με παραδοσιακές μεθόδους ιχθυοσύλληψης, τα λεγόμενα διβάρια.